负责蒙医中医医疗机构、医务人员、医疗技术应用和临床用药的管理 、评价，推荐蒙医药中医药改革发展和能力提升，指导基层医疗卫生机构、其他医疗机构蒙医药中医药服务。负责蒙医药中医药人才培养和科学研究，完善蒙医药标准体系，促进蒙医药中医药理论、医术和药物的发掘、保护和利用，组织实施蒙医药中医药人才培养和科学研究，完善蒙医药标准体系，促进蒙医药中医药科级成果的转化、应用 、推广和蒙医药中医药对外合作交流。管理蒙医药相关社会组织。